Lufta dhe fitorja e Kara Mahmutit kundër ushtrive turke si dhe hyrja në luftë e Austrisë kundër Perandorisë Osmane në shkurt 1788, krijuan kushtet për afrimin e tyre të mëtejshëm. Ky afrim ngjalli pakënaqësinë e mjaft feudalëve të pashallëkut. Këta, ndonëse e kishin përkrahur Kara Mahmutin, nuk donin shkëputjen e plotë nga sulltani dhe lidhjen me shtetet e krishtera evropiane kundër Turqisë myslimane. Kjo pakënaqësi përfshiu edhe vëllanë e tij, Ibrahim Pasha Bushatlliun. Me ta u bashkua edhe udhëheqësi i tarafit të Tabakëve, Tahir Agë Juka. Këtë lëvizje kundërshtare Kara Mahmuti e theu me vendosmëri. Ai ekzekutoi edhe disa nga udhëheqësit e këtij grupi, midis të cilëve edhe Tahir Agë Jukën.
Si kusht për të njohur Kara Mahmutin sundimtar sovran në Shqipëri, qeveria e Vjenës i kërkoi atij të bënte një marrëveshje për të marrë pjesë luftën që ajo i kishte shpallur Turqisë. Për këtë qëllim qeveria austriake dërgoi në Shkodër, në qershor 1788, një delegacion të kryesuar nga fisniku De Broajar. Në marrëveshjen e përfunduar parashikoheshin veprime ushtarake të përbashkëta. Nën komandën e kolonelit austriak Vukasoviç, ushtri austriake dhe malazeze së bashku me ushtritë Kara Mahmutit do të sulmonin prapa shpine ushtritë turke në frontin e lumit Sava. Në përfundim të bisedimeve të dy palët këmbyen dhurata dhe delegacioni austriak i dorëzoi Kara Mahmutit 50 mijë dukatë për të përballuar shpenzimet ushtarake.
Mirëpo perandori i Austrisë zhvillonte një politikë me dy faqe. Ai synonte të përdorte Pashanë e Shkodrës vetëm për nevojat e veta ushtarake. Nga njëra anë ai i premtonte Kara Mahmutit njohjen si mbret të Shqipërisë, nga ana tjetër po këtë premtim ia bënte edhe mbretit të Napolit në se ky do ta ndihmonte Austrinë me një ushtri prej 30 mijë vetësh në luftën kundër Turqisë. Veç kësaj, Vjena kishte lidhur 10 vjet më parë, më 1774, me Malin e Zi një traktat në të cilin, ndër të tjera, në nenin 4, ishte vendosur: “Në qoftë se territori Sërb do të çlirohet nga turqit, Zeta e sipërme dhe e poshtme, kështjellat e Podgoricës dhe Zhabjakut, si dhe i gjithë territori deri në grykën e Bunës, do t’u mbeten malazezëve”.
Çështja në se Kara Mahmuti ishte ose jo në dijeni të këtyre marrëveshjeve të fshehta, nuk është skjaruar. Fakti është se ky, pasi përcolli me nderime delegacionin austriak, me anën e një komplloti të organizuar me pabesi delegatët kur udhëtonin në lumin e Bunës. Me vrasjen e tyre marrëdhëniet me Austrinë u prishën menjëherë. Arsyet e vrasjes ende nuk janë sqaruar, por siç duket mosbesimi ndaj qëllimeve të Austrisë si dhe reaksioni që shkaktoi në qarqet feudale shqiptare dhe brenda në gjirin e familjes së Bushatllijve aleanca me Vjenën, e detyruan Kara Mahmutin të hiqte menjëherë dorë nga ky afrim. Si duket vrasja e delegatëve i nevojitej Kara Mahmutit për të qetësuar qarqet feudale shqiptare dhe për të larguar dyshimet e Portës së Lartë.
Në pranverën e vitit 1789 kur lufta po kthehej në favor të Austrisë e Rusisë, Porta e Lartë u përpoq të afronte Kara Mahmutin me qëllim që të forconte me anën e ushtive të tij frontin e Bosnjes. Kara Mahmuti tani i trembej fitores së Austrisë mbi Turqinë, prandaj pranoi të pajtohej me sulltanin. Në gusht 1789 Sulltani e fali, i dha atij titullin e vezirit dhe e dërgoi serasqer (komandant) të frontit të Bosnjes duke i lidhur dhe të ardhurat e vilajetit të Anadollit. Njëkohësisht sulltani emëroi Ibrahim Bushatlliun sundimtar të sanxhakut të Ohrit.
Afrimi me sulltanin qe një kthim prapa në rrugën e zhvillimit të lirë që kishte marrë Pashallëku i Shkodrës. Kjo i shkaktoi atij humbjen e aleatëve malazezë që kishin marrë pjesë në Kofederatën Ilirike. Në fakt Konfederata Ilirike u prish. Malazezët të nxitur nga Rusia sulmuan pas shpine ushtritë e Kara Mahmutit kur këto ndodheshin në Bosnje, pushtuan kështjellat Shpuzës dhe të Zhabjakut, fundosën dhe dëmtuan në liqenin Shkodrës mjaft anije të Bushatlliut qe bënin veprime ushtarake kundër tyre. Kara Mahmuti kërkonte të merrej vesh me malazezët por bisedimet nuk i dhanë rezultate.
Në tetor 1790 Kara Mahmuti u kthye nga fronti i Bosnjes dhe në maj 1791, me urdhër të sulltanit, ai u nis me ushtritë veta në Vidin (Bullgari), ku mori pjesë në luftën kundër austrikëve. Në Vidin qëndroi pesë muaj. Në tetor u kthye në Shkodër me një sasi të madhe të hollash dhe material të shumtë luftarak.
Gjatë qëndrimit të Kara Mahmutit në Vidin, midis Austrisë dhe Turqisë u nënshkrua në Sistovo, më 14 gusht 1791, një paqë e veçantë, e cila u përcaktua jo nga veprimet luftarake, por nga gjëndja ndërkombëtare e ndryshuar prej fitores së revolucionit të madh frëng.
Pas paqes së Sistovos Austria nuk paraqiste më rrezik për Kara Mahmutin. Tashti ai nuk kishte më arësye perse ta duronte vartësinë e bezdisëshme ndaj sulltanit. Kështu, pas dy vjet afrimi me Portën e Lartë, sapo arriti në Shkodër, u kthye përsëri në politikën e vjetër të pavarur. Si rrjedhim marrëdhënjet me Stambollin përsëri u prishën.
