Pasi shtiu në dorë Krujën, sulltan Mehmeti i II, dërgoi menjëhere në Shkodër bejlerbeun e Rumelisë Daut Pashën dhe atë të Anadollit Sulejman Pashën së bashku me ushtritë e tyre, të cilët e rrethuan menjëherë kështjellën. Sulmet turqve filluan më 22 qershor 1478. Më 2 korrik erdhi edhe pjesa tjetër e ushtrive turke bashkë me sulltan Fatihun, i cili e vendosi kampin në fushën e Shtojit. Shkodra si dhe më parë Kruja, ishte e rrethuar tashmë nga të katër anët nga një ushtri e madhe turke që numëronte lart nga 200 mijë vetë. Turqit derdhën në vend një numër të madh topash “përbindsha ” siç i quajnë kronistët turq, njëri prej të cilëve hidhte gjyle prej 600 kg. Kalaja e Rozafatit u bombardua pa ndërprerje, më tepër se një muaj. Deri më 27 korrik kundër saj turqit hodhën 506 gjyle. Nën efektin e predhave, kalaja u ça në mjaft vende dhe turqit mundën të depërtonin deri brënda në muret. Por mbrojtësit, duke luftuar gjoks me gjoks, i zprapsën. Krah për krah me burrat, për mbrojtjen e kalasë luftuan edhe gratë e qytetit.
Aty nga fundi i korrikut. sulltani dha urdhër që të ndërmerrej me të gjitha forcat një sulm i madh dhe i përgjithshëm. Sulmi zgjati gjithë ditën dhe u kushtoi turqve 12 mijë të vrarë, por nuk u dha fryt.
Pas dështimit të këtyre sulmeve, Fatihu vendosi të pushtonte tri kalatë që siguronin krahët e Shkodrës, Lezhën, Drishtin dhe Zhabjakun, me qëllim që ta izolonin dhe ta detyronin Republikën e Venedikut të tërhiqej. Së pari turqit iu drejtuan kalasë së Zhabjakut e cila u dorëzua pas një qëndrese të shkurtër. Pastaj ata iu drejtuan Drishtit ku banorët e qytetit bënë një qëndresë të rreptë. Në fillim të shtatorit turqit e shtinë në dorë këtë kala të dytë. Banorët e Drishtit u shpunë të gjithë nën muret e Rozafatit dhe aty u therën për të demoralizuar mbrojtësit trima të Shkodrës. Pastaj ushtritë turke iu drejtuan Lezhës, të cilën e morën me lehtësi pasi komandanti venedikas e braktisi pa luftuar duke i vënë zjarrin qytetit. Sulltani e shtërngoi edhe më tepër bllokimin e Shkodrës, duke ndërtuar anës lumit, prej nga ajo komunikonte fshehurazi, kulla të fortifikuara.
Me afrimin e vjeshtës gjëndja e turqve po bëhej më e vështirë. Një ushtri kaq e madhe nuk mund të dimëronte në fushë të hapur. Nga viset e rrethit të Shkodrës po shtoheshin për ditë sulmet e malsorëve. Në këto kushte sulltani vendosi të largohej nga Shkodra. Më 7 shtator 1478, ai u nis së bashku me pjesën kryesore të ushtrisë duke lënë në Shkodër Ahmet Bej Evrenozin që ta vazhdonte rrethimin edhe gjatë dimërit.
Shkodranët i kërkuan ndihma në armë, ushqime dhe njerëz senatit të Venedikut. Por republika e tregëtarëve të Venedikut duke parë se vazhdimi i luftës i kushtonte shtrenjtë dhe nuk kishte asnjë shpresë fitimi, shpejtoi bisedimet për paqë me sulltanin. Më 25 janar 1479 u nënshkrua më në fund në Stamboll paqa turko-venedikase, në bazë të së cilës Shkodra, Lezha e Drishti i kalonin Turqisë, kurse Durrësi, Ulqini e Butrinti i mbeteshin si dhe më parë republikës.
Kështu Shkodra e cila vazhdonte të mbrohej heroikisht, u detyrua të dorëzohej kundrejt së drejtës që mbrojtësit e saj të largoheshin lirisht, me armët dhe kamjen e tyre. Për të mos rënë nën skllavërinë e urryer të turqve, banorët e fundit të qytetit, braktisën atdheun dhe mërguan në Venedik.
Mbrojtja heroike e Shkodrës pati një jehonë të gjërë në vendet e ndryshme të Evropës. Ajo u përjetësua në një varg kronikash dhe veprash artistike të kohës. Piktori i madh i Rilindjes, Paolo Veroneze, i kushtoi “Mbrojtjes së Shkodrës” një nga kryeveprat e tij që ndodhet në pallatin e dikurshëm të dogjëve, në Venedik..
Me përjashtim të Durrësit dhe Ulqinit, qytetet e Shqipërisë ranë më në fund në duart e Fatihut, i cili e kaloi gjithë jetën e tij në luftë kundër shqiptarëve. Ky vend shënon kronisti turk Idriz-i Bitlisi që i pa i shkaktuar kaqë brenga dhe mundime Fatihut, qysh ditën që hipi në fron u bë më në fund, nga mbarimi i jetës së tij, krejt tokë turke. Megjithatë, Shqipëria nuk ishte pushtuar akoma krejtësisht nga turqit. Krahinat malore vazhdonin të ishin gjithnjë të lira. Këtu rezistenca shqiptare akoma nuk ishte shtypur.
