Lufta kundër pushtuesëve turq dhe fitoret e korrura që sollën çlirimin e vendit, krijuan kushtet e favorëshme për formimin e shtetit shqiptar të pavarur.
Lidhja shqiptare e Lezhës, e themeluar më 1444, që shërbeu për forcimin dhe zgjerimin e frontit të luftës kundër pushtuesve turq, ishte vetëm një aleancë politike dhe ushtarake midis zotërve feudale shqiptarë. Bujarët, të cilët morën përsipër të ndihmonin luftën me ushtri dhe me të holla, i ruajtën për vehte në zotërim e tyre të drejtat feudale si edhe të drejtën të largoheshin nga lidhja pa pësuar asnjë ndëshkim apo sanksion. Skënderbeu qe kryetar i Lidhjes vetëm përsa i përkiste luftës së përbashkët kundër turqve osmanllij dhe nuk mund të ndërhynte në administrimin e zotërimeve të tjera. Ai qe zot feudal vetëm në zotërimin e vet dhe komandant i ushtrisë së Lidhjes shqiptare.
Por Lidhja e Lezhës, e cila i dha Skënderbeut në vitet e para një mbështetje të rëndësishme për luftën me sukses kundër shkelësve turq, nuk ishte më në gjëndje t’u përgjigjej detyrave të reja. Partikularizmi i bujarëve dhe e drejta e imunitetit që ata ruanin me xhelozi, e bë një pengesë për zhvillimin e mëtejshëm të luftës, e cila kërkonte mobilizimin e të gjitha forcave njerëzore dhe burimeve materiale të vendit, gjë që mund të bëhej vetëm me përqëndrimin e pushtetit politik. Pavarësia e veprimeve që ata gëzonin dhe e drejta që ruanin për t’u larguar nga Lidhja shqiptare, sidomos në momentet më kritike, ishte një rrezik i përhershëm për Skënderbeun që kishte përgjegjësinë kryesore të luftës, aq më tepër kur qëndrimin e lëkundshëm të bujarëve e shfrytëzonin, bile e nxitnin fuqitë armike, turqit dhe venedikasit.
Nevoja e zhvillimit të mëtejshëm të luftës së madhe, në të cilën u angazhuan shqiptarët, e bënë Skënderbeun të thyente partikularizmin e feudalëve. Pikëmbështetje për këtë u bë rritja e prestigjit dhe e autoritetit të tij që erdhi si pasojë e luftës së drejtë dhe e fitoreve ushtarake. Ushtria shqiptare që u formua për nevoja të mbrotjes, u lidh nga pikëpamja organizative direkt me komandantin e vet. Përveç Arianitëve dhe Dukagjinëve, zotërimet e të cilëve kishin qëndruar deri diku edhe më parë jashtë kontrollit të turqve, bujarët e tjerë i kishin dëbuar nga domenet e tyre spahijtë turq dhe i gëzonin këto domene vetëm në sajë të fitoreve që po korrte ushtria shqiptare nën udhëheqjen e Skënderbeut. Të dobët dhe të përçarë, ata ishin të varur nga Skënderbeu, pasi pa përkrahjen e tij nuk mund t’i rezistonin dot furisë turke. Edhe feudalë të mëdhenj si Topiajt, Muzakët, Stres-Balshët, e kishin lidhur tashmë fatin e tyre me atë të Skënderbeut. Muzakët, për shembëll, të cilët e kishin shtënë në dorë Beratin pas fillimit të kryengritjes së përgjithëshme të Skënderbeut, kur forcat shqiptare më 1450 ishin të angazhuara në luftën e Krujës, e humbën përsëri qytetin e tyre të rëndësishëm dhe për të rifituar u duhej prap ndihma e Skenderbeut. Në interes të luftës dhe kur fati i saj ishte në lojë, Skënderbeu nuk i përfillte privilegjet e feudalëve partikulariste. Gjatë veprimeve ushtarake ky i shkeli kufijtë e dorreneve të tyre. Në keshtjellat e feudalëve aleatë vendosi garnizone ushtarake besnike, gjë që prekte të drejtat e tyre të imunitetit. Nevoja për të mbushur radhët e ushtrisë shqiptare që dëmtohej dhe pakësohej gjatë luftimeve me turqit, e shtynë Skënderbeun të mobilizonte ushtarë me inisiativën e vet, sidomos në zotërimet e feudalëve të dobët e fqinj. Kështu dalëngadalë dhe njëri pas tjetrit zotërimet e feudalëve të vegjël filluan të shkriheshin ose të “aneksoheshin”, siç shkruan bujari shqiptar Gjon Muzaka, në principatën shqiptare të Skënderbeut.
Një etapë të rëndësishme në këtë drejtim shënoi fitorja e madhe që korri Skënderbeu nën muret e Krujës. Prestigji dhe autoriteti që ai siguroi nga kjo fitore si brënda ashtu dhe jashtë vendit e eklipsoi edhe më tepër autoritetin e bujarëve aleatë. Në fakt, edhe bujarët Topia, Muzakaj, Stres-Balshë, e humbën ca nga ca profilin e tyre si zotër feudalë të pavarur. Pasojë e këtij proçesi qe shkrirja e këtyre zotërimeve feudale së bashku me atë të Kastriotëve, në një njësi shtetërore me vehte duke formuar kështu shtetin shqiptar të pavarur, nën udhëheqjen e Skënderbeut. Në këtë shtet kufijtë e mëparshëm të shumë zotërimeve feudale tani në fakt nuk ekzistonin më.
Ky proçes, i cili tani vetëm sapo kishte filluar, vazhdoi në mënyrë të pandërprerë në vitet e mëvonëshme. Skënderbeu nuk i kurseu as bashkëpuntorët dhe të afërmit e vet. Bujari Gion Muzaka shkruan se Skënderbeu “pasi u bë kryekomandant i zotërijve të Shqipërisë… vendosi të shtinte në dorë gjithë vendin… Ai vuri në burg zotërijtë Gjon dhe Gojko Balsha… dhe ua mori shtetin e tyre që ishte midis Krujës dhe Lezhës, zotit Moisi Komnenit i mori shtetin që ishte në Dibër… Dhe pasi vdiq im atë, na mori neve Tomoricën dhe Myzeqenë e Vogël dhe po ashtu ua bëri edhe zotërijve të tjerë, por ata s’kishin se ç’të bënin sepse ai kishte në dorë ushtrinë dhe ata kishin gjithmonë turkun mbi krye”.
Kjo politikë shkaktoi pakënaqësinë në radhët e feudalëve të mëdhej. Të pafuqishëm për ta penguar forcimin e autoritetit të Skënderbeut, disa prej tyre filluan të largoheshin nga Lidhja shqiptare, dhe kërkuan mbështetjen e Venedikut ose përkrahjen e Napolit, ose edhe kaluan në tradhëti të hapët, duke u bashkuar me turqit. Kështu, pas fitores së Krujës, Skënderbeut iu desh të përballonte edhe rrezikun e brendshëm që lindi nga largimet dhe tradhëtitë e aleatëve. Në përfundim të luftës kundër feudalëve separatistë, Lidhja shqiptare e Lezhës pothuajse e humbi krejt kuptimin e vet. Shteti shqiptar që erdhi duke u rritur e forcuar, mori përherë e më tepër karakterin e një shteti të përqëndruar.
Me gjithë shtrirjen e shtetit shqiptar në një teritor që përfshinte pak a shumë krahinat e Shqipërisë së mesme, Skënderbeu nuk mundi t’i shkrinte dot në shtetin e vet dy nga zotërimet më të mëdha të vendit, ato të Dukagjinëve dhe Arianitëve. Zotërit e këtyre zotërimeve e ruajtën të drejtën si sundimtarë më vehte edhe më vonë. Më 1448, gjatë nënshkrimit të paqës me Republikën e Venedikut, kundër së cilës luftuan edhe vëllezërit Pal e Lekë Dukagjini, këta nuk pranuan të merrnin pjesë së bashku me Skënderbeun në bisedimet me delegatët venedikas dhe nënshkruan me republikën një paqë të veçantë. Gjergj Arianiti gjithashtu vazhdoi ta konsideronte Skënderbeun si një aleat, pa iu nënshtruar vullnetit të tij.
Përpjekjet e Skënderbeut për të nënshtruar feudalët e mëdhej dhe për ta përqëndruar pushtetin në duart e tija, nuk drejtoheshin aspak kundër vetë rendit feudal. Skënderbeu ishte armik vetëm i feudalëve partikularistë shqiptarë sepse privilegjet e tyre dëmtonin çështjen kryesore në ishte lufta kundër turqëve. Në luftën kundër partikularizmit feudal, Skënderbeu u mbështet në shtresën e feudalëve të vegjël të dalluar në luftë, të cilët i përkrahu, duke u dhënë me duart e tij, feude në formë pronash. Skënderbeu krijoi kështu nga njëra anë kuadro ushtarake besnike në luftën kundër turqve, e nga ana tjetër një mbështetje të sigurtë në përpjekjet për t’ua pakësuar pushtetin bujarëve të vjetër feudalë.
Shteti shqiptar nën udhëheqjen e Skënderbeut, duke u rritur në një ambient luftash të vazhdueshme, pati në organizimin e vet, një karakter kryesisht ushtarak. Gjithë kujdesi i Skënderbeut dhe i bashkëpuntorëve të tij iu kushtua ushtrisë dhe ndërtimit të fortifikimeve. Administrata shtetërore me aparatet e saj të veçanta (financë, rekrutim, etj.), kryente funksione që i shërbenin drejt për së drejti luftës.
